Создан 23 апреля 1964 года на основе труппы Московского театра драмы и комедии (организован в 1946), в которую вошли выпускники Театрального училища им. Щукина (курс Ю. П. Любимова). Тогда молодые актёры сыграли пьесу Б. Брехта "Добрый человек из Сезуана", поставленную их педагогом, к моменту премьеры — главным режиссёром Юрием Любимовым.
Сразу же приобрёл репутацию самого авангардного театра страны. В театре не было занавеса, почти не использовались декорации. В спектаклях активно применялись пантомима, теневой театр, вставные музыкальные номера. В 1960-х — 1970-х годах один из самых посещаемых театров столицы.
Среди спектаклей преобладали поэтические представления: "Товарищ, верь!" (по Пушкину), "Послушайте!" (по Маяковскому), "Антимиры" (по Вознесенскому), "Павшие и живые" (о поэтах, погибших на войне); многочисленны и инсценировки прозаических произведений: "Мать" Горького, "Что делать?" Чернышевского, "Мастер и Маргарита" Булгакова, "Дом на набережной" Трифонова и др.
В 1980-х годах театр пережил ряд кризисов, вызванных отъездом за границу главного режиссёра Любимова и последовавшим лишением его гражданства СССР.
В 1992 году театр распался надвое. Часть труппы под руководством Николая Губенко образовала новый театр "Содружество актёров Таганки" и заняла новое здание театра на Таганке, оставшаяся часть труппы во главе с Любимовым осталась в старом здании, которое перестроено из кинематографа (электротеатра), построенного в 1911 года архитектором Г. А. Гельрихом.
2021 г. - Театр на Таганке и "Содружество актёров Таганки", возглавляемые Ириной Апексимовой, объединены в Театр на Таганке
