Схиигумен Рафаил (Шишков), в миру - Павел Дмитриевич Шишков, родился 20 января 1931 г. в Москве. Русский
С 1939 по 1949 годы учился в школе рабочей молодежи.
После школы окончил курсы киномехаников на Арбате и трудился по специальности в кинотеатре "Диск".
В 1951–1954 гг. служил в рядах Вооруженных Сил в железнодорожных войсках. Уволен в запас в 1954 году в звании ефрейтора.
Духовное образование получал в Московской духовной семинарии в 1955–1959 гг.
14 ноября 1965 года епископом Питиримом (Нечаевым) был рукоположен в сан диакона
23 июля 1966 года митрополитом Крутицким и Коломенским Пименом – в сан пресвитера.
В 1966 году назначен настоятелем храма Живоначальной Троицы в Монино. Наряду со служением с 1964 года работал в редакции "Журнала Московской Патриархии", неся послушание секретаря председателя Издательского отдела Московского Патриархата.
1983 г., будучи протоиереем, пришёл в Данилов монастырь, чтобы стать монахом и помогать возрождению монастыря и монашеской жизни в нем: "Возьмите меня в монахи, я пришел умереть в монастыре"
В 1984 году пострижен в рясофор с именем Алексий в честь преподобного Алексия, человека Божия, в 1985 году – в мантию под покров святителя Алексия, митрополита Московского.
В 1986 году иеромонах Алексий возведен в сан игумена
Пройдя многие послушания и испытания временем, о. Рафаил последние годы находился в затворе из-за своей немощи
3 апреля 2001 г. - пострижен в схиму архиепископом Владимирским и Суздальским Евлогием
Умер 20 декабря 2018 г. на 88-м году жизни, будучи старейшим насельником Данилова ставропигиального мужского монастыря.
Похоронен на кладбище подворья Данилова монастыря в Долматово, городской округ Домодедово Московской области.
