9 января 1995 г. пострижен в монахи с именем Стефан в честь первомученика архидьякона Стефана.
15 февраля 1995 г. - рукоположен в сан диакона.
28 сентября 1995 года рукоположен Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II во иереи.
1997 г. - по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II командирован в Саввино-Сторожевский монастырь на должность благочинного.
2002 г. - возведён в сан игумена.
С 2005 г. - председатель издательского совета Саввино-Сторожевского монастыря.
