Епископ Иоанн (Руденко), в миру - Владимир Николаевич Руденко родился 8 ноября 1966 года в Новосибирске в семье служащего.
Отец — Николай Иванович Руденко (род. 1941)
Мать — Светлана Анатольевна Руденко (1941-2013)
1983-1988 гг. - студент Новосибирского электротехнического институто.
По окончании института остался работать в научно-исследовательской лаборатории, заочно учился в аспирантуре. В 1994 году защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата физико-математических наук по специальности "Радиофизика, включая квантовую радиофизику".
До марта 1998 году работал преподавателем на кафедрах прикладной и теоретической физики и антенных систем Новосибирского электротехнического института, последние два года в должности доцента.
Крещён 20 января 1996 года в Александро-Невском соборе в Новосибирске, после чего проходил послушание в храмах и мужских обителях Новосибирской епархии.
В 1997 году посетил в качестве трудника Николо-Шартомский монастырь в Ивановской области.
С сентября 1997 года учился в Новосибирском православном богословском институте, окончил первый семестр.
6 февраля 1998 года вновь прибыл в Николо-Шартомский монастырь на постоянное пребывание.
17 апреля 1998 года в Казанском храме Николо-Шартомского монастыря архимандритом Никоном (Фоминым) пострижен в монашество с именем Иоанн в честь Иоанна Предтечи.
24 мая 1998 года в храме Архангела Михаила села Архангел Комсомольского района Ивановской области архиепископом Амвросием (Щуровым) рукоположен в сан иеродиакона
4 октября 1998 г. - в Преображенском кафедральном соборе города Иваново архиепископом Амвросием (Щуровым) рукоположён в сан иеромонаха.
В 1998—2001 годах заочно обучался в Московской духовной семинарии.
В 1998—1999 годах был преподавателем в Ивановском православном богословском институте апостола Иоанна Богослова. С 1999 года — первый проректор института.
В июне 1999 году назначен и. о. настоятеля строящегося храма в честь Всех святых при Ивановском государственном университете.
В 2000—2005 годах преподавал в Ивановском государственном университете и Шуйском государственном педагогическом университете.
В 2001—2005 годах заочно обучался в Московской духовной академии. В 2006 году в Московской духовной академии защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата богословия на тему "Опыт построения догматической системы по творениям святого Василия Великого".
В 2001—2005 и 2007—2009 годах — директор школы-интерната для мальчиков при Николо-Шартомском монастыре.
В 2005−2006 годах — настоятель храма иконы Божией Матери "Всех скорбящих Радость" в городе Иваново.
В 2005—2014 годах преподавал в Алексеевской Иваново-Вознесенской православной духовной семинарии.
С 2009 года — благочинный Воскресенского собора города Шуи.
С 2011 года — благочинный Николо-Шартомского монастыря.
16 апреля 2016 года решением Священного синода был избран епископом Воркутинским и Усинским
20 апреля 2016 года в храме святителя Николая Чудотворца села Алферьево Тейковского района Ивановской области епископом Шуйским и Тейковским Никоном (Фоминым) возведён в сан архимандрита
23 апреля 2016 года в Тронном зале храма Христа Спасителя в Москве Патриарх Московский и всея Руси Кирилл возглавил чин наречения архимандрита Иоанна (Руденко) во епископа Воркутинского и Усинского
24 апреля 2016 года в кафедральном соборном храме Христа Спасителя в Москве была совершена хиротония архимандрита Иоанна (Руденко) во епископа Воркутинского и Усинского, которую совершили Патриарх Московский и всея Руси Кирилл в сослужениии архиереев
28 декабря 2017 года решением Священного синода назначен викарием Московской епархии с титулом Домодедовский с освобождением от управления Воркутинской епархией
12 января 2018 года назначен управляющим Северо-Восточного викариатства Московской городской епархии и настоятелем храма Живоначальной Троицы в Свиблове